これはログインをメールとパスワードで行うようにしているにも関わらず、ユーザー登録が、username と Eメールの両方で行われていて、

username と email が違う場合に起こります。

その時は、username　をEメールに書き換えることで、ログインできるようになりますが、

username　はデフォルトでは変更できません。

username を書き換えるには、プラグインを使うことで書き換えることができます。

username を書き換えることができるようになるプラグインは、

Easy Username Updater
公式ページ https://wordpress.org/plugins/username-updater/

というものです。